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横から失礼します！
もしかしてですが、「Excelの起動」アクション実行時に表示される入力ダイヤログは”書き込みパスワード”の入力ダイヤログではないでしょうか？
Excelには”読み取りパスワード”と”書き込みパスワード”の２つがあり、対象のExcelは”書き込みパスワード”が設定されているものと思われます。
私も試してみましたが、確かに「Excelの起動」アクションを実行すると入力ダイヤログ表示でとまってしまいますね。。。
少し回りくどいですが、以下の操作手順で解決できるかもしれません。
①「アプリケーションの実行」アクションで対象Excelを起動
＜パラメータ設定内容＞
アプリケーションパス: EXCEL.exeのファイルパス
コマンドライン引数 : 対象Excelファイル名
作業フォルダ : 対象Excelのフォルダパス
②UIオートメーション関連アクションで保護解除やパスワード解除
③「実行中のExcelに添付」アクションで対象Excelのインスタンスを取得