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[Re-T]

処理対象ではない画面がフォアグラウンドにいるために起きている問題なので、マウス処理の直前に対象の画面をフォアグラウンドに設定すれば解決できると思います。

UIオートメーション->Windows->「ウィンドウにフォーカスする」のアクションを使用すれば、アクションごとの実行やブレークポイントでの停止時にも問題なく画面が切り替わるのではないでしょうか？

参考になれば