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訂正します。
PAクラウドフローのトリガーとして取得されたメール情報では必ず未読状態になっているものと思われます。
メール取得トリガー->デスクトップフローとなっているとのことなので、以下のような変更はどうでしょうか。
① メールを取得するトリガー
② 「メールを取得する」アクションで①のメールを再度取得(件名などで絞り込むことができると思います)
③ ②で取得したメールの既読/未読判定を行う
④ 未読の場合のみ、デスクトップフロー内で未読メール全てに対して処理を行う
トリガーが同時に動いた場合、他のフローが動作中は一度処理を待機する仕様となっているので、デスクトップフローで未読メールを同時に処理した場合は、後続のクラウドフローの処理までに未読メールがなくなります。
②で未読かどうかを再確認すれば、デスクトップフローの呼び出し前に動作を終了すると思います。