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Excel起動時のループが気になりました。
ループ前に起動しているExcelは転記先のExcelという認識で相違ないでしょうか？
「Excelを起動する」アクションではExcelインスタンスを変数名「ExcelInstance」に格納します。
ループ内で起動している各Excelが格納される変数が「ExcelInstance」のままになっているなど、ループ前の起動アクションと同じものに格納していませんか？
1.ループ前に「Excelを起動する」(空白のドキュメントを使用)->変数：ExcelInstance
2-0.ループを開始
2-1.ループ内で「Excelを起動する」(次のドキュメントを使用)->変数：ExcelInstance
2-2.Excelを読み取り、重複削除
2-3.Excelを閉じる->ExcelInstanceが空になる
2-4. 1.で起動したExcelへ記入しようとしてエラー
2-5. ループ終了
3.フロー終了
この場合1.で起動したインスタンスを2-2.で上書き、2-3.でインスタンスが削除されているため、書き込み先が見つからずエラーとなります。
上記は一例ですが、より詳細に確認するため、差し支えなければ発生しているエラーの文面を回答として追記していただくことは可能でしょうか？
参考になれば幸いです。