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おっしゃる通り、マウス移動アクションで、Webページやアプリなどが、アクティブになっている場合、
その画面に対して、F10キーの操作が実行され、PADの「アクションごとに実行」が適用されないと存じます。
ブレークポイント使用後も同様かと存じます。マウスの移動アクションの座標を動かさず、推移を確認する方法として、
「アクションごとに実行」で1つずつ処理を確認する代わりに、「メッセージを表示」のアクションを配置して、移動と処理ができているか確認し、表示された「OK」をEnterで閉じてはいかがでしょうか。閉じると座標を動かさず次の処理に移行できるかと存じます。明確な解決策とはなっておらず、すみません。